Aunque el gobierno y una facción de los grupos armados de oposición de Darfur firmaron en mayo el Acuerdo de Paz de Darfur, negociado en Abuja (Nigeria), el conflicto se agudizó y los desplazamientos y los homicidios aumentaron. El gobierno no desarmó a las milicias conocidas como yanyawid, que siguieron atacando a civiles en Darfur y realizaron incursiones transfronterizas en Chad. Durante el año, centenares de civiles resultaron muertos en Darfur y en Chad, y alrededor de 300.000 se vieron obligados a desplazarse, muchos de ellos de forma reiterada.

Las personas desplazadas dentro de Darfur y las personas de Darfur refugiadas en Chad no pudieron volver a sus pueblos debido a la falta de seguridad. En agosto, las fuerzas del gobierno lanzaron una gran ofensiva en Darfur Septentrional y Jebel Marra, acompañada de ataques de los yanyawid contra los pueblos, y que continuaba al finalizar 2006. Las fuerzas aéreas bombardearon con frecuencia a civiles. La Misión de la Unión Africana en Sudán (AMIS) no pudo detener los saqueos ni los homicidios, violaciones y desplazamientos de civiles.

Los servicios de seguridad del gobierno recluyeron a presuntos opositores de forma arbitraria, en régimen de incomunicación y durante largos periodos. La tortura era generalizada y en algunas zonas sistemática, como en el caso de Darfur. Defensores de los derechos humanos y organizaciones humanitarias extranjeras fueron objeto de acoso. Se restringió la libertad de expresión. Las autoridades desalojaron por la fuerza a personas desplazadas que se habían asentado en los barrios pobres de Jartum y a personas de la zona de Hambad, donde se estaba construyendo una presa. Los grupos armados de oposición perpetraron también abusos contra los derechos humanos..

MÁS INFORMACIÓN