Decenas de miles de civiles murieron o resultaron heridos en la escalada de violencia diaria y generalizada que continuó a lo largo de 2006. Muchos de los homicidios fueron consecuencia de ataques deliberados de grupos armados sunníes y chiíes, al adquirir el conflicto una naturaleza cada vez más sectaria. Las fuerzas de seguridad iraquíes cometieron violaciones de derechos humanos generalizadas, como homicidios de civiles y tortura y otros malos tratos a personas detenidas; además, se sospechaba que eran responsables de homicidios sectarios. Soldados de la fuerza multinacional dirigida por Estados Unidos también cometieron violaciones de derechos humanos, y algunos fueron procesados por cargos como homicidio, violación o trato inhumano de civiles. La fuerza multinacional mantenía a miles de personas recluidas arbitrariamente sin cargos ni juicio. Miembros de los sectores de población iraquíes más vulnerables, como las minorías y las mujeres, continuaban siendo objeto de abusos.

La violencia hizo que miles y miles de personas tuviesen que abandonar sus hogares, al verse afectados los barrios de Bagdad y algunos otros centros de población por el creciente sectarismo; cientos de miles de iraquíes huyeron del país y buscaron refugio en el extranjero. El primer juicio de altos cargos del gobierno iraquí anterior a 2003, que se celebró sin las debidas garantías, concluyó con una condena a muerte para el ex presidente Sadam Husein y dos coimputados. Decenas de personas fueron condenadas a muerte, muchas de ellas tras juicios injustos. Al menos 65 personas, entre hombres y mujeres, fueron ejecutadas. Sadam Husein fue una de ellas..

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